Train Derailment
O primeiro cenário a ser aberto no game conta a história de Resident Evil Ø. Após uma falha na turbina do helicóptero do Bravo Team, a equipe dos S.T.A.R.S. encontra um veículo militar capotado e descobre que o condenado à morte, Billy Coen, está foragido. Em um trem de passageiros parado próximo ao acidente, Rebecca Chambers se encontra com Coen, e juntos devem sobreviver a uma horda de monstros que tomaram conta não somente do Ecliptic Express, mas também do Centro de Treinamento da Umbrella.
Beginnings
Neste cenário, vemos os primeiros movimentos de Albert Wesker antes da traição, saindo de um dos laboratórios da Umbrella em direção a Raccoon City, para liderar os S.T.A.R.S. em sua missão na noite seguinte. No caminho, ele se vê frente a frente com seu velho “amigo” Sergei e seu guarda-costas, Ivan.
Mansion Incident
Após seguirem para a floresta de Raccoon em busca de seus companheiros do Bravo Team, o Alpha Team dos S.T.A.R.S. é atacado por um bando de cães mutados e se vêem obrigados a fugir para uma mansão no coração da mata. Lá dentro, Chris e Jill vêem seus companheiros sendo mortos um a um enquanto descobrem os segredos da pesquisa da Umbrella e a traição de Albert Wesker.
Nightmare
Os eventos deste cenário acontecem praticamente ao mesmo tempo em que os S.T.A.R.S. chegam à mansão de Spencer. Após escapar com vida do Centro de Treinamento da Umbrella, Rebecca Chambers se une a Richard Aiken enquanto buscam por seus companheiros de time. O rapaz é mordido por uma cobra gigante e a dupla recebe a ajuda de Chris e Jill.
Rebirth
Albert Wesker retorna da morte e precisa fugir rapidamente do laboratório antes que o sistema de autodestruição jogue tudo pelos ares. Ainda aprendendo a dominar seus poderes recém-obtidos, Wesker segue pelos corredores da mansão enquanto nutre um ódio por Chris e Jill, os responsáveis por destruir seu plano.
Raccoon’s Destruction
Raccoon City está completamente destruída pela ação do T-Virus. Em meio ao caos, Jill Valentine se vê à beira da morte até que recebe a ajuda de Carlos Oliveira, um dos mercenários enviados pela Umbrella ao local. Juntos, eles devem fugir da área antes que um míssil pulverize tudo aquilo que os cidadãos tanto lutaram para construir. Entre eles e a liberdade, entretanto, encontra-se um perseguidor implacável enviado pela companhia para acabar com Jill.
Death’s Door
Este cenário acontece imediatamente após o fim de Resident Evil 2. Ada Wong, uma espiã enviada por Albert Wesker para roubar uma amostra do G-Virus, está ferida e tem pouco tempo para fugir de Raccoon City. Para isso, ela deve pegar carona em um helicóptero da Umbrella que transporta uma carga muito especial, além de ter um passageiro misterioso a bordo.
The Fourth Survivor
Único sobrevivente de uma equipe especial enviada pela Umbrella para reaver o G-Virus, que estava sendo pesquisado por William Birkin, Hunk deve fugir da delegacia de polícia de Raccoon City e chegar até o heliporto, enfrentando um exército de mortos-vivos no caminho.
Umbrella’s End
A batalha final contra a Umbrella se inicia cinco anos após o incidente na mansão de Spencer, em uma base da companhia na Rússia. Chris e Jill, agora membros de uma equipe destinada à contenção de incidentes biológicos, invadem o local para localizar e destruir a mais nova arma biológica da empresa, o T-A.L.O.S. Este ataque, entretanto, tem conseqüências ainda maiores, já que os responsáveis pelo verdadeiro fim da Umbrella não serão os ex-policiais.
Dark Legacy
Albert Wesker volta à cena mais uma vez, agora atacando a base russa da Umbrella ao mesmo tempo que Jill e Chris. Porém, os antigos membros do S.T.A.R.S. não estão do mesmo lado, e Wesker tem seus próprios interesses envolvidos neste acontecimento. Mais uma vez, Sergei cruza os caminhos do vilão, e o resultado é uma batalha que envolve muito mais do que a simples inimizades entre eles.
